Le lac de Grand-Lieu est régulièrement confronté à une menace sanitaire majeure : le botulisme aviaire. Cette affection neurologique, causée par une toxine bactérienne, peut provoquer des épisodes de mortalité massive chez les oiseaux d’eau.
Comprendre les mécanismes du botulisme aviaire, ses facteurs environnementaux déclencheurs et les spécificités de sa gestion au lac de Grand-Lieu est crucial pour la préservation de l’avifaune (les oiseaux).
Le botulisme aviaire est une affection touchant les oiseaux sauvages en Europe1. Elle est causée par :
Cette toxine est produite par une bactérie appelée Clostridium botulinum.
C. botulinum se développe en l’absence d’oxygène (anaérobie), forme des spores* et est thermophile (elle a besoin d’une température élevée pour vivre).
Elle est naturellement présente dans les sédiments des zones humides et particulièrement dans les eaux stagnantes peu profondes.
*spore : forme résistante de la bactérie lui permettant de survivre temporairement à des conditions de vie défavorables.
Chez les oiseaux, la toxine botulique bloque la libération d’un neurotransmetteur, l’acétylcholine, au niveau des jonctions entre les neurones et les muscles. Un peu comme si on empêchait une clef (le neurotransmetteur) de tourner dans une serrure (les jonctions neuromusculaires) ! Cela empêche la contraction musculaire et entraîne une paralysie flasque2.
Les oiseaux atteints présentent d’abord une incapacité à s’envoler, puis à marcher. Au stade terminal, la paralysie atteint les muscles du cou et empêche l’oiseau de maintenir sa tête hors de l’eau. L’animal meurt alors par noyade ou par insuffisance respiratoire.
🤔 Botulisme aviaire ou botulisme alimentaire ?
À ne pas confondre ! Le botulisme aviaire n’est pas contagieux, il s’agit d’une intoxication par ingestion. Il existe différents types de toxine botulique. Les types A, B, E et rarement F affectent l’être humain. Le botulisme d’origine alimentaire, chez l’être humain, provient d’aliments mal cuits avant d’être conservés ou mal conservés3.
Le développement de la maladie suit un cycle d’amplification biologique** redoutable4 :
**amplification biologique ou bioamplification : processus selon lequel la concentration d’une substance présente dans un milieu augmente tout au long d’une chaîne alimentaire.
Les asticots de mouches (comme Lucilia sericata) sont insensibles à la toxine. En se nourrissant sur les cadavres d’oiseaux, ils accumulent de fortes concentrations de toxine botulique. Lorsqu’un oiseau sain consomme ces asticots, il s’empoisonne à son tour, alimentant un cercle vicieux épidémique.
Le lac de Grand-Lieu présente des caractéristiques morphologiques, hydrologiques et écologiques favorables au botulisme. En effet, sous certaines conditions climatiques, elles se conjuguent et créent un environnement idéal pour Clostridium botulinum1.
Le lac de Grand-Lieu est très peu profond (70 cm en moyenne en été) et se compose d’une vaste superficie de zones d’eau libre et de végétations aquatiques.
En période estivale, la baisse des niveaux d’eau, conjuguée à des températures atmosphériques élevées, entraîne un réchauffement rapide de la colonne d’eau et des sédiments de surface.
➡️ La température moyenne estivale du lac dépasse fréquemment les 20°C à 25°C nécessaires à la germination des spores de C. botulinum5,6. La température de surface a même dépassé les 30°C ces dernières années, lors des épisodes de canicule.
Un lac qui s’envase ? Pas vraiment. Il y a plus de 40 ans, l’accumulation de matière organique dans le lac et le développement de la végétation aquatique étaient favorables à un envasement et à la disparition des zones en eau. Actuellement, les relevés bathymétriques – qui mesurent les profondeurs du lac de Grand-Lieu – ne révèlent pas de dynamique d’envasement. Au contraire, on constate une augmentation de quelques centimètres de profondeur dans la zone centrale du lac depuis 25 ans (source : SNPN).
Le lac de Grand-Lieu souffre d’hyper-eutrophisation. Les apports massifs en nutriments (azote et phosphore) issus de nos activités (agriculture intensive, rejets industriels, artificialisation des sols…) sont à l’origine de ce phénomène d’étouffement des milieux aquatiques6.
En été, ces nutriments stimulent la proliférations de microalgues et de cyanobactéries (« blooms »). Leur décomposition consomme l’oxygène dissous et génère d’importants dépôts de matières organiques au fond de l’eau.
➡️ Cette pollution de l’eau favorise alors le développement de C. botulinum7,8.
Grand-Lieu est un site de mue pour les canards, notamment les canards colverts9. Durant cette phase d’environ un mois, les oiseaux perdent temporairement leur capacité de vol et se regroupent en fortes densités dans les zones de faible profondeur où la végétation est dense (saulaies, herbiers de nénuphars et vasières à proximité).
➡️ Cette concentration d’animaux vulnérables favorise la contamination.
Le lac de Grand-Lieu est un site de reproduction, de mue et de halte migratoire pour des dizaines de milliers d’oiseaux. Lors des crises de botulisme, les pertes peuvent se chiffrer en milliers d’individus.
Du printemps à la fin de l’automne 1995, une épizootie (épidémie qui touche les animaux) de botulisme a décimé l’avifaune de Grand-Lieu. Près de 3 000 oiseaux morts ont été ramassés sur le lac6. Et probablement des dizaines de milliers d’oiseaux d’eau sont morts intoxiqués, principalement des canards et des foulques, en raison de leur mode d’alimentation de surface ou de filtration des sédiments.
En 1995, 73% des oiseaux morts du botulisme étaient des canards colverts (Anas platyrhynchos) et des sarcelles d’hiver (Anas crecca).
Trente ans plus tard, plusieurs facteurs biologiques et environnementaux ont convergé pour alimenter une nouvelle crise de botulisme. Début juillet 2025, plus de 12 000 canards colverts se sont regroupés sur le lac de Grand-Lieu pour effectuer leur mue (source : Comité de suivi RNN 2026, SNPN).
Ce rassemblement de canards a offert un terrain idéal pour l’emballement du cycle de transmission. Sur la réserve naturelle nationale du lac de Grand-Lieu, 2781 oiseaux ont été ramassés. Les principales victimes sont les canards colverts qui représentent 81% des oiseaux morts intoxiqués.
Jusqu’à présent, sur le plan hydrologique, il n’a pas été établi de relation claire entre la cote du lac et l’ampleur de l’épidémie. A niveau d’eau équivalent, d’un été à l’autre, un épisode de botulisme peut avoir lieu, ou non.
Le lac de Grand-Lieu se divise en deux réserves naturelles : la réserve naturelle nationale, gérée par la Société Nationale de Protection de la Nature (SNPN) ; et la réserve naturelle régionale, gérée par la Fédération des Chasseurs de Loire-Atlantique.
Ces deux gestionnaires sont en lien avec les services de l’État. Et ils coordonnent la gestion du botulisme aviaire sur le lac de Grand-Lieu, à travers différentes actions.
L’action la plus efficace pour briser le cycle « cadavre-asticot » consiste à collecter le plus rapidement possible les cadavres d’oiseaux et les individus malades. À Grand-Lieu, cette tâche est rendue complexe par l’accès difficile dans certaines zones de végétation dense.
Des patrouilles quotidiennes sont organisées en période de crise. Les cadavres collectés sont centralisés puis incinérés pour éviter la persistance des spores et des toxines dans le milieu.
Certains mammifères semi-aquatiques envahissants, comme le ragondin (Myocastor coypus), peuvent être des hôtes intermédiaires3, mais leur rôle dans le cycle épidémique reste méconnu. L’autopsie de cadavres de ragondins est parfois réalisée pour déterminer la cause de la mort.
Au début des années 1960, le vannage de Bouaye est construit à la « sortie » du lac de Grand-Lieu. L’objectif : gérer les niveaux d’eau et conserver de l’eau en période estivale. C’est à partir de cette période que ces niveaux d’eau seront maîtrisés et artificialisés (source : Syndicat Grand-Lieu estuaire).
Cette gestion est complexe en raison des intérêts divergents entre les acteurs locaux : agriculteurs, pêcheurs, chasseurs, écologues. Les différents arrêtés ministériels fixant les côtes du lac se sont montrés inadaptés au bon fonctionnement des écosystèmes.
De nouvelles côtes ont donc été définies en 2015, afin d’assurer un équilibre plus durable dans la gestion délicate des niveaux d’eau du lac de Grand-Lieu.
Actuellement, sous la responsabilité des services de l’État et en étroite collaboration avec les acteurs locaux, le Syndicat Grand-Lieu Estuaire engage une démarche de révision de l’arrêté de gestion des niveaux d’eau. Une réflexion est également menée sur l’avenir du vannage qui est en mauvais état (SGLE).
Envisager des niveaux d’eau plus élevés en été pourrait limiter les crises de botulisme à court terme. Mais à long terme, ils fragiliseraient la végétation aquatique. La disparition de celle-ci provoquerait la création de nouvelles vasières, potentiellement favorables au développement du botulisme (source : SNPN).
Agriculture intensive, rejet des eaux usées, artificialisation des sols… il est indispensable d’agir sur nos activités, afin de réduire les apports en nutriments au lac de Grand-Lieu.
Non seulement pour préserver la faune et la flore de la prolifération des cyanobactéries, mais aussi pour limiter le développement de C. botulinum.
Les projections climatiques du GIEC Pays de la Loire indiquent une augmentation de la fréquence et de l’intensité des vagues de chaleur estivales. Elles prévoient également des sécheresses prolongées entraînant des étiages sévères (niveaux d’eau extrêmement bas)9.
Pour le lac de Grand-Lieu, ces modifications environnementales font craindre une recrudescence et une précocité accrue des épisodes de botulisme aviaire. Des températures d’eau plus élevées sur de plus longues périodes étendront la fenêtre temporelle favorable à la prolifération de Clostridium botulinum. Ce risque saisonnier se transformera alors en une crise de conservation majeure et récurrente pour l’avifaune.
Le déclenchement et l’intensité d’une crise de botulisme restent des phénomènes complexes à déterminer, car de nombreux facteurs interagissent. C’est pourquoi un projet de thèse de doctorat a débuté fin 2025, à l’Université de Lorraine. L’objectif : comprendre quelles conditions écologiques peuvent conduire à un épisode de botulisme en étang en France et comment mieux le prévenir.
1 Anza, I., Vidal, D., & Mateo, R. (2014). Clostridium botulinum neurotoxin type C/D mosaic in waterbirds, Spain. Emerging Infectious Diseases, 20(4), 738-740.
2 Rocke, T. E., & Bollinger, T. K. (2007). Avian botulism. Infectious diseases of wild birds, 377-416.Rocke, T. E., & Bollinger, T. K. (2007). Avian botulism. Infectious diseases of wild birds, 377-416.
3 Meurens, F., Boulouis, H. J., Carlin, F., Federighi, M. M., Filippitzi, M. E. et al. (2021). Clostridium botulinum : mise à jour des connaissances sur les différentes formes des types C, D, mosaïque C/D et D/C et E. [0] Saisines n°2019-SA-0112 (filière bovine); n° 2019-SA-0113 (nettoyage et désinfection); n° 2019-SA-0114 (filière avicole); n° 2019-SA-0115 (faune sauvage), Anses. 171 p. ⟨anses-03674557⟩
4 Hubalek, Z. (2013). Pathogenic microorganisms associated with free-living birds: a review. Acta Veterinaria Brno, 73(1), 131-160.
5 Pannard, A., Massé, S., Llopis,S., Leitao, M., Morata, S. et al. (2024). Rooted floatingleaf macrophytes structure the coexistence of different phytoplankton assemblages within a shallow lake. Hydrobiologia, 851 (4), 915-939.
6 Gillier, J. M., & Reeber S. (2018). Plan de gestion Réserve naturelle nationale du Lac de Grand-Lieu 2018-2027. 345 p.
7 Anza, I., Vidal, D., Laguna, C., Mateo, R. (2014). Eutrophication and Bacterial Pathogens as Risk Factors for Avian Botulism Outbreaks in Wetlands Receiving Effluents from Urban Wastewater Treatment Plants. Applied and Environmental Microbiology, 80(14), 4251-4259.
8 Wurstbaugh, W. (2011). Relationships between eutrophication, cyanobacteria blooms and avian botulism mortalities in the Great Salt Lake. Final Report. 21 p.
9 Reeber, S. (2026). Les oiseaux du lac de Grand-Lieu. 267 p.
10 GIEC des Pays de la Loire (2022). 2e rapport. 56p.
Références web
Etat des lieux sur la crise de botulisme / RNN Lac de Grand-Lieu / été 2025, https://www.snpn.com/etat-des-lieux-sur-la-crise-de-botulisme-rnn-lac-de-grand-lieu-ete-2025/
La gestion des niveaux d’eau : https://www.sgle.fr/gestion-des-niveaux-deau/
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LA MAISON DU LAC DE GRAND-LIEU, C’EST :
+ de 20.000 personnes touchées par les actions de médiation, dont 15.000 entrées payantes accompagnées d’un médiateur scientifique.
+ de 3000 auditeurs – scolaires et étudiants – accueillis en journées complètes autour de projets pédagogiques.
La Loire-Atlantique est placée en vigilance rouge canicule ce vendredi 10 juillet à partir de midi. Vendredi 10/07 après-midi, les visites prévues sont donc annulées et La Maison du Lac de Grand-Lieu est fermée. Merci de votre compréhension et prenez soin de vous 💙
